所谓新三板分层制度，是指在新三板数量众多的挂牌公司当中，按照一定的分层标准，将其划分为若干个层次，可降低信息搜集成本，提高投资分析效率，增强风险控制能力，引导投融资精准对接。同时通过内部分层，可以在交易制度、发行制度、信息披露的要求等制度供给方面，进行差异化的安排，以促进新三板市场健康、持续的发展。
全国股转公司每年设置6次创新层进层实施安排。进层启动日分别为每年1月、2月、3月、4月、5月和8月的最后一个交易日。目前，新三板暂时分为两层：基础层和创新层。新三板挂牌公司进入创新层，需满足以下条件之一：
1、最近两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元(以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据);最近两年加权平均净资产收益率平均不低于10%(以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据)。
2、最近两年营业收入连续增长，且年均复合增长率不低于30%;最近两年营业收入平均不低于8000万元;股本不少于2000万股。
3、截至进层启动日的120个交易日内，最近有成交的60个交易日的平均股票市值不低于3亿元；采取做市交易方式的，截至进层启动日做市商家数不少于4家；采取集合竞价交易方式的，前述60个交易日通过集合竞价交易方式实现的股票累计成交量不低于100万股；截至进层启动日的股本总额不少于5000万元。
4、满足上述规定进入创新层的挂牌公司，还应当满足以下条件：
(一)最近12个月完成过股票发行融资(包括申请挂牌同时发行股票)，且融资额累计不低于1000万元;或者最近60个可转让日实际成交天数占比不低于50%。
(二)公司治理健全，股东大会、董事会和监事会制度、对外投资管理制度、对外担保管理制度、关联交易管理制度、投资者关系管理制度、利润分配管理制度和承诺管理制度完备;公司设立董事会秘书并作为公司高级管理人员，董事会秘书取得全国股转系统董事会秘书资格证书。
无论对于创新层还是基础层股票，投资新三板都有可能为投资者带来巨大财富，但也可能让投资者面临巨大风险，这也是新三板市场设置较高的投资者准入门槛的重要原因。
5、中国证监会和全国股转公司规定的其他条件。
在新三板上市中的公司一般是非上市股份公司，从这点上来看，若是属于已经上市的股份公司则就不能再在新三板上市了。而在经营年限上，则要求公司已经开展经营活动有两年，也就是说公司注册存续的时间已经超过了两年。至于对公司的盈利要求，则必须要能够持续经营下去，同时这个持续经营的能力也要比较稳定才行。